CS3ではこの問題は発生しません。
何も操作していないのに、メモリーのスロットに勝手に命令が追加される。
自動運転や動いている列車があると、その動きも自動的に登録されてしまう
3.5.16以降のCS2では、メモリーのルートが編集モードになっている時には、列車の動きを含めて行っている操作を自動的にスロットに書き込んでくれる機能が追加されました。
この機能ですが、正確には『あなたが行っている操作』を記録しているのではなく、『CS2がレイアウトに出している命令』を記録しているのです。
そのため、メモリーのルート編集中に、自動運転（単なるシャトルトレインを含む）などで他の列車が動いていると、その動きが変わった時に、自動的にメモリーの命令としてスロットに追加してしまいます。
例えば、ルート編集中に、シャトルで向きを変えた列車があると、その列車の速度がゼロになって向きが変わる、という命令パネルが、いま編集しているルートに追加されてしまいます。
ルート編集は、必ずすべての列車を停車させてから行うようにしてください。