CS3ではデコーダーに自動的に書き込むようになっていますので、おそらくこの問題は発生しないと思います。
mfx+の機関車を普通に走らせていたら、燃料切れでノロノロ運転になってしまった。
Standardモードに切り替えているのにどうして？
変更したモードを機関車のデコーダーに書き込む
一度profesionalモードなどで走らせたmfx+列車は、デコーダーに燃料残量等を記憶しています。
CS2の設定画面でモードを切り替えてから、機関車と矢印の付いたデコーダー書き込みボタンを押さないで、緑のチェックマークだけを押した場合には、CS2の画面の設定は切り替わりますが、デコーダーの内容は切り替わりません。
このため、機関車は燃費計算を続けていて燃料切れを起こします。
スパナマークで設定画面を表示させてPlaymodeを変更してから、機関車と矢印の付いたデコーダー書き込みボタンを押して、デコーダーにStandardモードであることを書き込めば、正常に走るようになります。