この記事はバージョン2.5.1のCS3で確認・検証しています。
CS3の性能限界
ついに、というか、とうとうCS3にも性能の限界を感じるようになりました。
CS3はイベントの数が増えると、処理が重くなっていき、誤作動も発生するようになります。
具体的には
スクロールやウインドウの移動がもっさりしてくる
起動直後にSTOPを解除したりした際に、勝手に機関車のファンクションが実行されたりする（サウンドが鳴ったりライトが点いたりする）
機関車編集のCV設定のロックがかかったままになり、本線上ではCVの編集ができなくなる（プログラムトラックに移動すれば編集できます）
列車のサウンドが正常に再生されないことがある（機関終了音が最後まで再生されずにすぐに途切れたりする）
まれにイベントの実行に失敗する
といった症状が発生するようになります。
原因はおそらくイベントの作成総数
正確な原因はわからないのですが、私の経験則から判断すると、作成したイベントの総数が多くなると、このように徐々に動作が重たくなるようです。
私の環境では、276個のイベントがあり、上記の症状が出ています。
このイベントをすべて削除したところ、動作も軽くなり、スクロールやウインドウの動きも良くなり、CV編集は全機関車が即応するようになり、誤作動もなくなったことから、イベントが影響していることは間違いなさそうです。
ただ、単にイベントの数が多いためなのか、イベントの内容が複雑だからなのか、処理しているコンタクト数（センサー数）が多いからなのか、リソースを消費する命令があるからなのか、といった詳しい原因まではわかりません。
個体差もあるかもしれませんし、人によるかもしれませんが、イベントがリソースを消費するということは間違いなさそうです。
確認した範囲内では、機関車の登録台数や、アクサセリーの登録台数については、相当多くなっても大丈夫そうでした。
※レイアウト上に載っている数ではなくて、登録されている個数です。
CS3でも多数・複雑な列車の自動運転は難しい
このことから推測すると、CS2よりは数倍の性能にはなっていると思いますが、やはり現状では、CS3単体では鉄道博物館のように複雑な自動運転や運行ダイヤを、多数の列車やギミック・演出を用いて運用することは難しいと判断せざるを得ないと思います。
レイアウトの大きさというよりも、自動運転を行うかどうかや、イベントによる演出の多さ、複雑さによると思います。
私のレイアウトと運転については、Youtubeチャンネルでご覧いただている内容ですので、あれを全部登録していると性能限界に近づくと理解してもらえばいいかなと思います。
回避方法・対策
CS3だけでは対策できないと思います。
私は一貫して、鉄道博物館のようにたくさんの列車を走らせたい、自動運転がしたい、というゴールに向かって、鉄道模型を遊んでいます。
すでに一定のゴールテープは通過して達成できているとは実感していますが、残念ながら、現状のCS3をもってしても、単体ではより先にあるゴールを目指すことは出来ないと考えています。
そこで、私個人としては、自動運転アプリ（パソコン用ソフトウェア）を導入することにしました。
個人であれば無料でも使用できる「Rocrail」というアプリケーションを選択しました。
無料で利用できますが、私は機能が優れていると感じたので、寄付（サブスクリプション課金）して使用しています。
Rocrailを使用してもCS3（または別のコマンドステーション）は必要ですが、CS3にはイベントを一切登録せず、自動運転はRocrailで行うことで対応できそうです。
Rocrailは主にヨーロッパ圏で多くのユーザーがいて、説明やマニュアルも充実しており、フォーラム等でコミュニケーションも活発です。CS3よりも情報には困りません。
自動運転に関しては、CS3よりも遥かに優れており、CS3ではできない運転が出来ますし、自動運転の操作もしやすいです。
また、自動運転をしなくても、機関車や車両の管理（コレクションのデータベース）としても、非常に便利で優れた機能を搭載しています。
CS3単体で運用するのならイベント数を減らす
CS3単体で運用するのなら、イベント数を負荷がかからない程度に減らすしかないと思います。
単純な運転にとどめるか、運転パターンごとにデータを分けて保存して、環境を切り替えるなどで対処するのがいいのかなと思います。